Ayasuluk Kalesi ile St. Jean Kilisesi’nin bulunduğu Ayasuluk Tepesi’nin batı yamacında yer alan İsa Bey Camii Selçuklu mimarisi ile yapılmış önemli eserlerden biridir. İsa Bey tarafından 1375 yılında ünlü mimar Ali İbn Ed Dımışki’ye inşa ettirilen İsa Bey camisinde Efes harabelerinden ve Artemis Tapınağı’ndan getirtilen mimari parçalar ve sütunlar kullanılmıştır.
İsa Bey Camisi konumu ile de ilgi çeken bir eserdir. Dönemin halklarını bir araya getiren putperest tapınakları ve Hristiyan kiliseleri arasında yer almaktadır. Selçuklu döneminde yapılan İsa Bey Camisi, sunaklı avlusu ile Türk cami mimarisi örneği, batıya açılan anıtsal kapı, fayans mozaikler ve motifleri ile Selçuklu mimarisinin en önemli eserlerinden biridir.
İsa Bey Camisi’nin batıya açılan anıtsal kapı üzerinde yer alan kitabe de şu sözler bulunmaktadır;
Rahman ve Rahim olan Allah’ın adıyla bu mübarek caminin inşa edilmesini Büyük Sultan, Millet Fertlerinin Maliki, İslam’ın ve Müslümanların Sultanı, Devletin, Dinin ve Dünyanın Medarı İftiharı Aydınoğlu Mehmet oğlu İsa emretti. Tanrı mülkününü ebedi kılsın. Ali İbni Dımışki yaptı ve bunu Şevval Ayı’nın 9’unda ve 776 senesinde yazdı.
