Efes bölgesinin yerleşke olarak kullanıldığı ilk tarihler M.Ö. 11. yüzyıla aittir. Tunç çağının yaşandığı o dönemlerde Arzawa’nın başşehri Apasa adı ile tarihe adı geçen Efes yüzyıllar boyunca çeşitli uygarlıklara ev sahipliği yapmış önemli liman kenti olmuştur. Kalkolitik çağın yaşandığı M.Ö. 5. yüzyıldaki Efes’in yerleşim yerleri Çukuriçi Höyük Ephesos ismi ile anılan bugün ki Hellenistik şehir surundaki Magnesia Kapısı’nın doğusunda, Arvalya Höyük diye anılan yerleşim yeri ise ise Selçuk’tan Kuşadası’na uzanan modern asfaltın hemen yanında yer almaktadır. Yerleşim yeri sürekli değişen Efes şehrinin Ephesos olarak anıldığı M.Ö. 2. yüzyıla denk gelen son tunç çağında ise yerleşim Ayasuluk tepesine doğru kaymıştır.
Efes’e ithaf edilen bir efsane de, Attikalı kralın oğlu Androklos’un domuzu öldürdüğü yer de Attikalı Kralı Efes şehrini kurmuştur. Bu efsanenin tasvir edildiği kabartmanın tarihinin Roma İmparatorluğu dönemine ait olduğu tespit edilmiştir. Bu kabartma bugün Efes harabeleri içerisinde yer alan Hadrian Tapınağı’nın ön kısmında yer almaktadır.